С учетом в расходах стоимости поездных билетов в данном случае никаких проблем нет. Минфин неоднократно это подтверждал. Главное, чтобы соблюдались следующие условия <Письма Минфина от 30.04.2015 N 03-03-06/1/25283, от 30.07.2014 № 03-04-06/37503, от 11.08.2014 № 03-03-10/39800>:

(и) дата выбытия работника из места постоянной работы к месту командировки совпадает с датой, на которую приобретен проездной билет;

(и) задержка выезда командированного из места командировки (либо более ранний выезд работника к месту назначения) произошла с разрешения руководителя, подтверждающего целесообразность произведенных расходов.

Проживание за субботу и воскресенье в этом случае не оплачивается, даже если сотрудник жил в той же гостинице.

Что касается суточных, то, как мы поняли из вопроса, днями командировки сотрудника являются понедельник и вторник. Следовательно, за эти дни вы и должны выплатить ему суточные.