Как можно предположить из вопроса, учредителю, вышедшему из состава ООО, в 2016 году была выплачена действительная стоимость его доли в уставном капитале (п.6.1 ст. 23 Закона от 08.02.98 № 14-ФЗ).

Эту сумму нужно показать в расчете 6-НДФЛ за 2016 год (п.3.3, 4.2 Порядка (Приложение 2 к Приказу ФНС от 14.10.2015 N ММВ-7-11/450@, письмо ФНС от 11.05.2016 N БС-4-11/8312)):

(и) в разделе 1 по строке 020 – внутри обобщенной по всем физическим лицам суммы начисленного дохода за 2016 год;

(и) в разделе 2 по строке 130 – внутри обобщенной суммы доходов, полученных всеми физическими лицами на соответствующую дату. При этом, если в отношении различных видов доходов, имеющих одну дату получения, есть разные сроки перечисления налога, то строки 100 - 140 раздела 2 нужно заполнить по каждому сроку перечисления.  

Так, удержанный НДФЛ должен быть перечислен (п.6 ст. 226 НК РФ):

(и) по общему правилу - не позднее дня, следующего за днем выплаты дохода; 

(и) при выплате  больничных и отпускных - не позднее последнего числа месяца, в котором производились такие выплаты.

Предположим, что действительная стоимость доли была выплачена учредителю 15.11.2016, в один день с выплатой работнику компании суммы отпускных. В таком случае нужно заполнить два блока строк 100-140 раздела 2. При этом по строке 120 (дата, не позднее которой должна быть перечислена сумма налога) в отношении доли нужно указать дату 16.11.2016, а в отношении отпускных – 30.11.2016.