Зарплату за ноябрь и декабрь 2016 г. нужно отражать в справке 2-НДФЛ за 2016 г. в составе доходов, соответственно за ноябрь и за декабрь <Письмо ФНС от 02.03.2015 N БС-4-11/3283>. Поскольку в 2-НДФЛ суммы доходов показываются в том месяце, в котором соответствующий доход считается фактически полученным <раздел V Порядка заполнения формы 2-НДФЛ, утв. Приказом ФНС от 30.10.2015 N ММВ-7-11/485@>. А датой фактического получения доходов в виде зарплаты считается последнее число месяца, за который она начислена <п. 2 ст. 223 НК РФ, Письмо ФНС от 09.08.2016 N ГД-4-11/14507 (п. 2)>. 

Если на момент подачи справки за 2016 г. зарплата еще не будет выплачена, то и НДФЛ с нее не будет удержан и перечислен <п. 4, п. 6 ст. 226 НК РФ>. Тогда в справке этот налог нужно показать:

(и) в строке «Сумма налога исчисленная» <п.3 ст. 226 НК РФ>; 

(и) в строке «Сумма налога, не удержанная налоговым агентом».

Соответственно, в состав сумм удержанного и перечисленного налога этот НДФЛ не попадает.

После погашения задолженности по зарплате, удержания и уплаты в бюджет НДФЛ, вам нужно сдать в ИФНС (и выдать работнику) корректирующую справку за 2016 г. <Письмо ФНС от 02.03.2015 N БС-4-11/3283>. В уточненной справке НДФЛ с ноябрьской и декабрьской зарплат следует показать в составе удержанных и перечисленных сумм налога, и на эту же сумму уменьшить показатель строки «Сумма налога, не удержанная налоговым агентом».