1) При выдаче в феврале задержанной зарплаты за январь надо было удерживать НДФЛ с обеих сумм. А налог удержали лишь при выплате второй части задержанной зарплаты. Эти суммы налога нужно было перечислить в бюджет соответственно 2 и 8 февраля 2017 года <п. 4 и 6 ст. 226 НК РФ>.

 Дело в том, что при выплате аванса НДФЛ не удерживается по той причине, что до истечения месяца доход в виде оплаты труда не может считаться полученным и не может быть исчислен <Письмо Минфина от 01.02.2016 N 03-04-06/4321>. Вы же зарплату за первую половину месяца задержали и выдаете ее уже после его окончания. Поэтому оснований не удерживать НДФЛ с первой выплачиваемой суммы уже нет.

В разделе 2 отчета 6-НДФЛ вам нужно заполнить 2 блока строк (на каждую выплату), поскольку даты удержания и перечисления налога для первой и второй суммы не совпадают.

2) В случае нарушения срока выплаты зарплаты независимо от вины работодателя нужно начислить работнику компенсацию в размере 1/150 ключевой ставки ЦБ РФ за каждый день просрочки, если более высокий размер компенсации не установлен коллективным или трудовым договором. Компенсацию нужно начислять на не выплаченную в срок каждую часть зарплаты, а также иные выплаты, причитающиеся работнику (отпускные, командировочные, соцстраховские пособия и т.п.).  Компенсацию начисляют со дня, следующего за днем, установленным для выплаты каждой части зарплаты, по день выплаты включительно<ст. 236 ТК РФ>.

Кроме того, трудинспектор, может вынести предупреждение или оштрафовать: организацию на сумму от 300000 руб. до 50000 руб. организацию, а руководителя на сумму 1000 руб. – 5000 руб. <ч. 6 ст. 5.27 КоАП РФ>.