Премии, выплачиваемые за счет прибыли организации, средств специального назначения или целевых поступлений, нужно отражать в справке 2-НДФЛ с кодом 2003 <Приложение N 1 к Приказу ФНС от 10.09.2015 N ММВ-7-11/387@>. Этот код нужно применять и в отношении премий, выплаченных за счет целевых средств ОМС.

В случае болезни работника его отпуск должен быть либо продлен, либо перенесен <ст. 124 НК РФ>. Что произошло в вашей ситуации из вопроса не понятно. Предположим, что отпуск продлен на то количество дней отпуска, которое пришлось на период нетрудоспособности. Никакой пересчет вам делать не нужно.

Период, за который выплачен доход, определяется по дате фактического получения дохода <Письмо ФНС от 01.08.2016 № БС-4-11/13984@ (вопрос 12)>. Таким образом, выплаченные в декабре 2016 года отпускные за январь 2017 года – доход декабря 2016 года. И даже если отпуск будет продлен из-за больничного на февраль 2017 г., выплаченные отпускные так и останутся доходом декабря 2016 г.

Таким образом, сумму отпускных вы отражаете в расчете 6-НДФЛ за 2016 год разделе 1 в строке 020, а НДФЛ с отпускных в строках 040 и 070 <Письмо ФНС от 02.11.2016 № БС-4-11/20829>. Но показывать выплату отпускных в разделе 2 формы 6-НДФЛ за 2016 год не нужно. Поскольку срок перечисления НДФЛ перенесен с субботы 31.12.2016 на 09.01.2017, то есть на другой налоговый период.

Заполняя расчет 6-НДФЛ за I квартал 2017 года, вам нужно будет показать операцию по выплате отпускных в разделе 1 так:

- строка 100 – 30.12.2016;

- строка 110 – 30.12.2016;

- строка 120 – 09.01.2017

- строка 130 – сумма выплаченных отпускных;

- строка 140 – удержанный НДФЛ.

Доход в виде отпускных нужно показать как доход декабря в справке 2-НДФЛ за 2016 год.

Что касается больничных, то они будут отражены в расчете 6-НДФЛ в общем порядке после их выплаты.