Да, в данном случае страховые взносы, в т.ч. на «травматизм»  необходимо начислить на полную сумму компенсации.
В соответствии с пп.7 п.1 ст.422 НК РФ, пп.8 п.1 ст.20.2 Федерального закона от 24.07.1998 № 125-ФЗ в случае проведения отпуска «северянами» за пределами территории РФ не подлежит обложению страховыми взносами стоимость перелета (включая стоимость провоза багажа весом до 30 кг), рассчитанная от места отправления до пункта пропуска через Государственную границу РФ. При авиаперелете таким пунктом пропуска является не географическая точка пересечения границы, а международный аэропорт, в котором «северянин» проходит пограничный контроль при выбытии с территории РФ. В этой связи от обложения страховыми взносами может быть освобождена только та часть стоимости перелета, которая приходится на маршрут от места отправления на территории РФ до российского международного аэропорта, в котором будет пройден пограничный контроль (например, при рейсах с пересадкой).
Если же пограничный контроль «северянин» проходит в месте первоначального отправления, то от обложения страховыми взносами стоимость перелета не освобождается даже частично несмотря на наличие справки, в которой маршрут полета разбит на 2 отрезка – полет в воздушном пространстве РФ и полет после пересечения воздушным судном Государственной границы РФ (Письмо Минтруда от 25.11.2015 № 17-4/В-573, Письмо Минфина от 16.11.2016 № 03-04-12/67082).