Инспекция сама (в автоматическом режиме) не может делать такой зачет. Насколько мы поняли из вашего вопроса, вы заплатили взносы, относящиеся к отчетным периодам 2017 г., на КБК, предназначенные для уплаты взносов за периоды, истекшие до 2016 г. К примеру, при уплате пенсионных взносов за январь 2017 г. указан КБК для декабрьских взносов 182 1 02 02010 06 1000 160, хотя нужно было указать код платежей 2017 г. - 182 1 02 02010 06 1010 160. То есть ошиблись в 16-м разряде. Тогда автоматическая перекодировка КБК платежа невозможна. Ведь код, указанный в вашей платежке, не соответствует перекодировочной сопоставительной таблице.
Платежи, отнесенные к разряду невыясненных поступлений по причинам, не позволяющим обеспечить автоматическую перекодировку органами Федерального казначейства (например, указание несуществующего КБК), подлежат уточнению налоговыми органами. Но уже не в автоматическом режиме.
В результате ошибки платеж мог отразиться не в той карточке расчетов с бюджетом, заведенной в ИФНС для вашей организации. Ведь налоговая служба открыла вашей организации разные карточки для каждого КБК.
В итоге:
- суммы отразились в карточке расчетов с бюджетом именно по тому коду, который был указан вами в платежке, и там числится переплата. Такое возможно при условии, что у вас нет долгов по взносам за 2016 год;
- по карточке с кодом для учета взносов, которые вы намеревались заплатить, числится недоимка. Более того - капают пени.
Для исправления ситуации вам надо обратиться в инспекцию, подав заявление об уточнении платежа с просьбой об исправлении КБК. Если за 2016 год у вас нет задолженности, инспекция должна сделать такое уточнение. Пени в таком случае должны быть сторнированы (если взносы уплачены своевременно) <п.7, 9 ст.45 НК РФ>.
Образец такого заявления вы можете найти в журнале «Главная книга», 2017, № 7, с.20.