НДС по товарам (работам, услугам), оплаченным наличными деньгами, можно принять к вычету только при наличии счета-фактуры продавца с выделенной суммой налога. Не дают права на вычет входного НДС ни сам чек ККТ с выделенной суммой НДС, ни товарный чек или бланк строгой отчетности <Письмо Минфина от 25.08.2017 N 03-07-14/54643>. 

Но есть и исключения. Входной НДС, относящийся к стоимости проезда и проживания командированных работников, можно принять к вычету без счета-фактуры, если налог выделен <Письма Минфина от 26.02.2016 N 03-07-11/11033, от 30.07.2014 N 03-07-11/37594, от 03.04.2013 N 03-07-11/10861>:

- в проездном документе (билете, маршрут/квитанции электронного билета и т.д.),

-  в БСО, оформленном гостиницей. 

В вашем случае стоимость материалов, приобретенных за наличные, надо включить в расходы без НДС. А сумму самого входного НДС в налоговых расходах учесть не получится, как не получится и принять к вычету <Письмо Минфина от 24.01.2017 N 03-07-11/3094>.