Уточненную налоговую декларацию компания обязана представить, только если ошибка в ней приводит к занижению суммы налога, подлежащей уплате в бюджет <п. 1 ст. 81 НК РФ>. Поскольку у вас сумма НДС не изменилась, вы вправе (но не обязаны) исправить ошибку через дополнительный лист книги покупок с подачей уточненной декларации. 

Либо вы можете оставить книгу покупок без внесения изменений (штраф за неправильный код операции не установлен). Но в таком случае ИФНС при проведении камеральной проверки сданной декларации вправе затребовать у вас письменные пояснения и дополнительные документы <п. 3, п. 8.1 ст. 88 НК РФ>. Дело в том, что при помощи кодов налоговики определяют законность вычета НДС, сверяя декларации поставщика и покупателя. В вашем случае операции не состыкуются. Ведь покупатель укажет код 21 по вашему счету-фактуре. К тому же код 02 в книге покупок используется покупателем (а не продавцом), заявляющим вычет НДС с перечисленного продавцу аванса.

Заметим также, что за несообщение (несвоевременное сообщение) запрошенных пояснений компания может быть оштрафована на 5000 руб. <п. 1 ст. 129.1 НК РФ>.