Из вашего вопроса можно сделать вывод о том, что вы применяете освобождение от исполнения обязанностей плательщика НДС <ст. 145 НК РФ>. Значит, вы обязаны выставлять счета-фактуры с отметкой «Без налога (НДС)» <п. 5 ст. 168 НК РФ>. Соответственно, сумма НДС в этих счетах-фактурах не выделяется. Вы вправе не вести книгу покупок. А вот книга продаж должна вестись в общеустановленном порядке. Компании, освобожденные от обязанностей плательщика НДС, не обязаны подавать декларации <Письма ФНС от 04.06.2015 № ГД-4-3/9650@, от 29.04.2013 № ЕД-4-3/7895@>.
Как мы поняли, одновременно вы проводите операции, которые освобождаются от налогообложения на основании ст. 149 НК РФ (из вашего вопроса можно заключить, что это операции, предусмотренные подп. 14.1 п. 2 ст. 149 НК РФ). Плательщики, у которых есть такие операции, не освобождаются от представления деклараций по НДС. Операции, не облагаемые НДС на основании ст. 149 НК РФ, отражаются в разделе 7 декларации <Раздел XII Порядка заполнения, декларации по НДС, утвержденного Приказом ФНС от 29.10.2014 № ММВ-7-3/558@>. Счета-фактуры по этим операциям составлять вы не обязаны <подп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ>. Но это и не запрещено. Вы можете составлять счета-фактуры, также с отметкой «Без налога (НДС)» <Письмо Минфина от 15.02.2017 № 03-07-09/8423>.
Если счета-фактуры по операциям, освобожденным от НДС на основании ст. 149 НК РФ, не составляются, в книге продаж могут регистрироваться первичные учетные документы по этим операциям. Либо раздел 7 декларации можно заполнять на основании учетных регистров, в которых должны быть отдельно отражены данные о реализации услуг без НДС.