Полагаем, что пояснения у вас затребованы в рамках камеральной проверки «прибыльной» декларации, а в качестве причины направления требования указано, что сведения, содержащиеся в декларации, не соответствуют сведениям из документов, имеющихся в ИФНС <п. 3 ст. 88 НК РФ>. 

Если это так, то вы обязаны:

(и) при получении требования в электронном виде не позднее 6 рабочих дней (считая со дня его отправки налоговым органом) передать в инспекцию квитанцию о его приеме <п. 6 ст. 6.1, п. 5.1 ст. 23 НК РФ>. В противном случае вам могут заблокировать расчетный счет <подп. 2 п. 3 ст. 76 НК РФ>;

(и) в течение 5 рабочих дней представить в ИФНС пояснения либо уточненную декларацию <п. 3 ст. 88 НК РФ>. Если вы этого не сделаете или нарушите 5-дневный срок, то вам грозит штраф 5 000 руб. За повторное нарушение в течение календарного года штраф составит 20 000 руб. <п. 1, 2 ст. 129.1 НК РФ>.

Что касается самого содержания пояснений, то вам следует объяснить налоговикам, почему сумма на расчетном счете это не выручка. В частности, сообщите, что вы применяете метод начисления (приложите выписку из вашей учетной политики). Кроме того, ваша компания могла получить авансы за товары, которые на момент подачи декларации еще не были отгружены.