Налоговая проверка при ликвидации организации проходит по общим правилам выездной проверки с той разницей, что «ликвидационная» проверка не зависит от времени проведения и предмета предыдущей проверки <п.11 ст. 89 НК РФ>. То есть даже если вас проверяли полгода назад, то в случае ликвидации к вам могут прийти снова.
Ответственность за непредоставление документов налоговикам несет организация <ст. 126 НК РФ> и ее действующий руководитель <ч.1 ст. 15.6 КоАП РФ>. Члены ликвидационной комиссии, к которым переходит управление компанией, за непредоставление документов в ИФНС оштрафованы быть не могут <п.4 ст. 62 ГК РФ, ст. 2.4 КоАП РФ>.
Таким образом, если компания не предоставит инспекторам затребованные у нее в установленном порядке документы в течение 10 дней (или большего срока, согласованного с ИФНС), то ей грозит штраф в размере 200 рублей за каждый непредоставленный документ <п.12 ст.89, п.1, 3 ст.93, ст. 126 НК РФ>.
Кроме того, получив сообщение об отсутствии первичных документов, налоговики во время проверки будут определять налоги расчетным путем <подп.7 п.1 ст. 31 НК РФ>. Если в результате компании насчитают недоимку, пени и штрафы, то до их погашения завершить ликвидацию будет невозможно <подп. «а» п.1 ст. 23 Закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ, Постановление 12 ААС от 15.04.2016 N 12АП-2681/2016, Постановление АС ЗСО от 12.02.2016 N Ф04-29056/2015>.
А если компания не сможет погасить свои налоговые начисления, то ее ликвидация будет проходить уже по правилам банкротства <п.4 ст. 62 ГК РФ>. В рамках процедуры банкротства все лица, которые в течение предшествующих 3 лет могли давать компании обязательные указания (в том числе прежний руководитель) могут быть в судебном порядке привлечены к субсидиарной ответственности <ст. 61.10, 61.11 Закона от 26.10.2002 № 127-ФЗ>. То есть им придется участвовать в погашении долгов компании, если на это не хватит ее имущества <п.1 ст. 399 ГК РФ>.
В любом случае, участники компании могут обратиться в суд с иском о взыскании с прежнего руководителя убытков, причиненных его недобросовестными действиями <п.3 ст. 53, п.1 ст. 53.1 ГК РФ>. Отметим, что судебная практика считает недобросовестность действий (бездействия) директора доказанной, если он после увольнения удерживал и уклонялся от передачи компании документов, касающихся обстоятельств, повлекших неблагоприятные последствия для нее <п.2 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 62>.
Учитывая изложенное, прежнему руководителю стоит направить ликвидационной комиссии письмо с уведомлением о вручении о том, что он готов передать им первичные документы.