Каких-либо точных промежутков времени между двумя выездными проверками НК не предусматривает. Есть другие ограничения, и при соблюдении этих ограничений налоговики могут выйти на новую проверку хоть на следующий день после завершения предыдущей (хотя обычно так никто не делает). Напомним, что днем завершения  проверки считается день составления справки о проведенной проверке (п.8 ст. 89 НК РФ). 

Так, по общему правилу, нельзя проводить в отношении одной компании (или ее филиала либо представительства) <п.5 ст. 89 НК РФ>:

(и) более двух проверок в течение календарного года (третья возможна только по решению руководителя ФНС);

(и) две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период.

То есть если выездники комплексно проверили у вас все налоги за последние три года, то скорее всего, в следующие три года к вам уже не придут. Исключением могут быть случаи (п.10, 11 ст. 89 НК РФ):  

(и) повторных проверок:

- в порядке контроля вышестоящего налогового органа за деятельностью нижестоящего, проводившего проверку;

- в связи с представлением налогоплательщиком «уточненки» с суммой налога в размере, меньшем ранее заявленного;

(и) проверки в связи с  реорганизацией или ликвидацией организации.

Такие проверки проводятся независимо от времени проведения предыдущей проверки.