Операция по погашению долга сама по себе не облагается НДС <пп. 30 п. 2 ст. 149 НК РФ>. Компания А должна была его исчислить при отгрузке товара своему покупателю. Так что смотрите на ситуацию так, как будто вам (компании А) вернул долг сам ваш покупатель.

            Ваш должник – к примеру, компания С, может попросить вас составить акт взаиморасчетов. В нем можно указать, что долг покупателя В за товар (с учетом НДС) переведен на компанию С – так образовалась задолженность компании С перед компанией А. Впоследствии этот долг был погашен путем перечисления денег от С к А. Все. Никаких НДС-документов от вашей компании А выставлять компании С не требуется.