Вы можете выплатить ему заработную плату наличными. Зачесть излишне уплаченную сумму НДФЛ в счет будущих платежей по НДФЛ нельзя (п. п. 1, 14 ст. 78, п. 9 ст. 226 НК РФ, Письмо ФНС России от 06.02.2017 N ГД-4-8/2085@).Для возврата переплаты нужно подать в ИФНС заявление по утвержденной форме (п. п. 6, 14 ст. 78, п. 1 ст. 231 НК РФ, Письмо Минфина
от 23.11.2017 N 03-04-05/77502).
Так же сумму можно зачесть в счет любого другого налога (ст. 78 НК РФ, Письмо ФНС от 06.02.2017 N ГД-4-8/2085@).