Из вопроса неясно, кем является ваша организация по отношению к этому работнику. Но в общем случае если работник принес больничный, выписанный на вашу организацию, то этот больничный нужно оплатить (3 дня- за ваш счет, остальное напрямую выплачивает ФСС).