Если мы правильно понимаем, речь идет о лицензионном договоре (неисключительная лицензия), в котором лицензиар (правообладатель) является резидентом Республики Беларусь, а лицензиат – российское ООО.
Иностранные организации, получающие доходы от источников в РФ, признаются плательщиками российского налога на прибыль, в частности, в отношении доходов от использования в РФ прав на объекты интеллектуальной собственности <пп. 4 п. 1 ст. 309 НК РФ>. Если у иностранной организации в России нет представительства, то российская организация, выплачивающая такой доход, является налоговым агентом по налогу на прибыль <п. 4 ст. 286, п. 1 ст. 310 НК РФ>.
Между Правительством РФ и Правительством Республики Беларусь подписано соглашение об избежании двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов в отношении налогов на доходы и имущество от 21.04.1995. Данное соглашение предусматривает, что доходы от лицензий, возникающие в одном Договаривающемся Государстве и выплачиваемые лицу с постоянным местопребыванием в другом Договаривающемся Государстве, могут облагаться налогом в этом другом Государстве в соответствии с законодательством этого Государства, но налог, взимаемый таким образом, не может превышать 10 процентов валовой суммы доходов от авторских прав и лицензий <п.п. 1, 2 ст. 11 Соглашения>.
Таким образом, российское ООО при оплате права пользования логистической платформой обязано удержать и уплатить налог на прибыль по ставке 10 % при условии предоставления белорусской организацией подтверждения того, что она имеет постоянное местонахождение в Республике Беларусь (п.1 ст.312 НК РФ).
Доходы нерезидентов, которые указаны в п. 1 ст. 309 НК РФ, облагаются налогом на прибыль у российской компании, которая выплачивает такой доход. В п. 1 ст. 309 НК РФ электронные услуги не поименованы.
Кроме того, оказание иностранной организацией электронных услуг, указанных в п. 1 ст. 174.2 НК РФ, местом реализации которых признается территория РФ, не приводит к образованию постоянного представительства этой организации в России (п. 14 ст. 306 НК РФ).
Доходы нерезидента от оказания услуг на территории РФ, не приводящие к образованию постоянного представительства в РФ, не облагаются налогом у источника выплаты (п. 2 ст. 309 НК РФ). То есть российская организация не является налоговым агентом по налогу на прибыль.
По Соглашению между РФ и РБ об избежании двойного налогообложения, если у белорусской компании нет постоянного представительства в РФ, то ее доходы облагаются в Белоруссии (п. 1 ст.7 Соглашения между РФ и РБ от 21.04.1995).