Если замена вышедшего из строя двигателя не повлекла ни изменения технологического или производственного назначения ТС, ни его эксплуатационных качеств (новый двигатель той же марки, какая была ранее, с теми же техническими характеристиками), то это был действительно ремонт, а не модернизация.
Расходы на ремонт (в том числе на приобретение и замену вышедшего из строя двигателя) транспортных средств, признаваемых основным средством, включаются в состав расходов, связанных с производством и реализацией <пп. 2 п. 1 ст. 253, ст. 260 НК РФ>. То есть их можно списать единовременно.
При изменении характеристик ТС безопаснее будет учитывать эти расходы как модернизацию, то есть увеличить первоначальную стоимость ТС и списывать путем начисления амортизации <п. 2 ст. 257 НК, Письмо Минфина от 22.03.2017 N 03-03-06/1/16312>.