При реализация товара на экспорт за пределы ЕАЭС правила определения базы по налогу на прибыль и базы по НДС различны. Будем рассматривать только ситуацию с подтвержденной экспортной ставкой.
Налоговое обязательство по исчислению НДС с применением налоговой ставки 0% непосредственно связано с моментом определения налоговой базы по НДС (п. п. 4, 6 ст. 166, п. 3 ст. 168, пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ). При применении ставки 0% моментом определения налоговой базы по товарам, реализуемым на экспорт, является последнее число квартала, в котором собран полный пакет документов, предусмотренных ст. 165 НК РФ (п. 9 ст. 167 НК РФ). Таким образом, для целей НДС составленный счет-фактуру надо зарегистрировать в книге продаж в том квартале, на который приходится день сбора документов (Письмо Минфина от 05.07.2007 N 03-07-08/180).
Для целей налога на прибыль при применении метода начисления доходы от реализации товаров на экспорт надо признавать на дату их реализации  - то есть на дату перехода права собственности (п. п. 1, 3 ст. 271 НК РФ). Эта дата должна быть закреплена в договоре  с покупателем. Маловероятно, что это будет дата составления вами УПД по экспортной операции – ведь вы сами занимаетесь организацией таможенным оформлением товара (а не брокер вашего покупателя). Так что, вам надо на основании условий договора определить дату, когда право собственности на экспортированный товар перейдет от вашей организации к покупателю. Часто с этим связан и переход к нему иных рисков, связанных с доставкой товара.
Расхождения в сумме выручки между декларацией по налогу на прибыль и декларацией по НДС обоснованны. В случае необходимости вам надо будет пояснить их инспекции.