В настоящее время этот вопрос спорный.
Дело в том, что в 2010 году Минздравсоцразвития разъясняло, что такая компенсация страховыми взносами не облагается. Оно указывало, что эту выплату работодатель производит в силу обязательного предписания, закрепленного в Указе № 1110, независимо от наличия или отсутствия соответствующих положений в трудовом договоре, коллективном договоре или соглашении. То есть такая выплата производится вне рамок каких-либо соглашений между работником и работодателем по поводу ведения трудовой деятельности и социального обеспечения.
Учитывая вышеизложенное, Минздравсоцразвития пришло к выводу, что эта компенсация не признается объектом обложения страховыми взносами на основании положений ст. 7 Закона от 24.07.2009 № 212-ФЗ (Письмо Минздравсоцразвития от 19.05.2010 № 1239-19, п. 1 Письма Минздравсоцразвития от 05.08.2010 № 2519-19).
Но на момент выхода разъяснений была другая редакция ст. 7 Закона № 212-ФЗ нежели сейчас. Тогда объектом обложения страховыми взносами для организаций признавались выплаты и иные вознаграждения, начисляемые ими в пользу физлиц по трудовым договорам (ч. 1 ст. 7 Закона № 212-ФЗ в ред. от 16.10.2010).
Однако, с 01.01.2011 г. формулировка ст. 7 Закона 212-ФЗ изменилась. Теперь объектом обложения страховыми взносами для организаций признаются выплаты и иные вознаграждения, начисляемые ими в пользу физлиц в рамках трудовых отношений (ч. 1 ст. 7 Закона № 212-ФЗ).
И после этого ПФР и ФСС выпустило совместное письмо, суть которого сводится к тому, что взносами облагаются все выплаты работникам в рамках трудовых отношений, за исключением прямо поименованных в ст. 9 Закона (Письмо ПФР № НП-30-26/9660, ФСС № 17-03-10/08-2786П от 29.07.2014).
Компенсационная выплата в соответствии с Указом № 1110 в ст. 9 прямо не поименована. Надо ли ее облагать страховыми взносами мы спросили в ФСС и ПФР и получили разные ответы.
Ильюхина Татьяна  Митрофановна – Начальник отдела правового обеспечения
страхования на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством
Правового департамента ФСС РФ
«Назначение и выплата ежемесячной компенсационной выплаты в размере 50 рублей
лицам, находящимся в отпуске по уходу за ребенком до достижения им возраста
3 лет, производится страхователями в соответствии с постановлением Правительства РФ от 03.11.1994 № 1206 «Об утверждении Порядка назначения и выплаты ежемесячных компенсационных выплат отдельным категориям граждан» во исполнение Указа Президента РФ от 30.05.1994 № 1110 «О размере компенсационных выплат отдельным категориям
граждан».
Данный вид денежных выплат по своей правовой природе фактически
является государственным пособием, в связи с чем, на основании пункта 1
части 1 статьи 9 Закона № 212-ФЗ не подлежит обложению страховыми взносами и
не включается в заработок при исчислении пособий».
А у московского отделения ПФР другое мнение.
Дашина Тамара Николаевна – Заместитель управляющего Отделением Пенсионного фонда РФ по г. Москве и Московской области
«С 01.01.2011 на компенсацию в размере 50 руб. страховые взносы начислять надо. Ведь эти компенсации выплачиваются за счет средств работодателя и они не
поименованы в перечне выплат, на которые страховые взносы не начисляются».
Таким образом, чтобы избежать претензий вы можете на компенсацию взносы в ПФР начислять, а в ФСС нет.