Все зависит от того, являются ли деньги, вырученные от продажи машины, предпринимательским доходом или нет.

Вариант 1. Продажа машины - предпринимательский доход
На это, в частности, могут указывать факты использования машины для бизнеса (например, для доставки товаров), что видно из каких-либо документов, например, из путевых листов или транспортных накладных <Приложение N 4 к Правилам перевозок грузов автомобильным транспортом, утв. Постановлением Правительства от 15.04.2011 N 272>. В этом случае доходы от продажи машины нужно отразить в декларации по УСНО и включить их в налогооблагаемую базу по «упрощенному» налогу (ставка 6%).

Вариант 2. Продажа машины – непредпринимательский доход.
Если машина никак не использовалась для ведения бизнеса, то, поскольку она находилась в собственности ИП более 3 лет, полученный доход не облагается НДФЛ <п. 17.1 ст. 217 НК РФ> и не должен отражаться в декларации 3-НДФЛ <п. 4 ст. 229 НК РФ>.