При установлении системы оплаты труда должны учитываться сложность труда и уровень квалификации работника (ст. 145 ТК РФ). Если у зама руководителя более высокая квалификация и более сложная работа, чем у директора, то его зарплата может оказаться выше, чем у директора (ст. 132 ТК РФ).
Что касается налоговых рисков, то если зарплата выплачивается в размере указанном в трудовом договоре, что подтверждается документально (трудовым договором, табелями учета рабочего времени), то претензий со стороны налоговых органов быть не должно <ст. 252 НК РФ>. Оценка рациональности, целесообразности и эффективности, принимаемых организацией решений к компетенции налоговых органов не относится <п. 3 мотивировочной части Определения КС РФ от 04.06.2007 № 320 –О-П>.