Расходы на командировку учитываются при расчете налога на прибыль при условии их документального подтверждения (пп. 12 п. 1 ст. 264, п.1 ст. 252 НК РФ).

По мнению Минфина, расходы по аренде автомобиля сотрудником, находящимся в командировке могут быть учтены в «прибыльных» расходах (Письмо Минфина от 29.11.2010 N 03-03-06/1/742). При этом документами, подтверждающими расходы по аренде, могут являться:

(и) договор аренды;

(и) акт о передаче/возврате автомобиля;

(и) счета, чеки и иные документы, подтверждающие оплату услуг по предоставлению автомобиля в аренду. 

В своем письме чиновники, правда, сделали оговорку, что организация должна иметь соответствующие оправдательные документы, подтверждающие использование арендованного автомобиля для служебных целей. Однако командировка уже сама по себе имеет служебную цель, поэтому считаем, что указанных документов для признания затрат будет достаточно.

Кстати, если сотрудник приобретал ГСМ на арендованный автомобиль, то эти затраты также можно учесть в расходах при наличии чека на оплату.