Вам нужно заполнить справку 2-НДФЛ, в которой сумму излишне удержанного налога нужно указать в разделе 5. Эту справку представляете в свою инспекцию (п. 2 ст. 230 НК РФ).  

Кроме того, вы обязаны в течение 10 дней со дня, когда обнаружили излишнее удержание НДФЛ, сообщить об этом бывшему работнику (п. 1 ст. 231 НК РФ). Поэтому сданную в ИФНС справку 2-НДФЛ вышлите и работнику. Ведь раз он у вас уже не работает, то вряд ли сам он ее у вас попросит (п. 3 ст. 230 НК РФ). 

Имейте в виду, что если бывший работник в 2017 году придет к вам и попросит вернуть излишне удержанный налог, вы обязаны будете это сделать. Как разъясняет Минфин, увольнение работника, а также период, в котором производится возврат излишне удержанного налога, никак не влияют на эту обязанность налогового агента (Письмо Минфина от 24.12.2012 № 03-04-05/6-1430). А в 2015 году с Минфином согласился и Конституционный суд. Он указал, что НК предусматривает особый (специальный) порядок возврата излишне удержанного налоговым агентом НДФЛ, который имеет приоритет перед общим порядком возврата налоговой переплаты (п. 2 мотивировочной части Определения КС от 17.02.2015 № 262-О). 

После того, как вы вернете бывшему работнику НДФЛ, вам нужно будет (Письма ФНС от 14.11.2016 № БС-4-11/21536@, от 26.10.2016 № БС-4-11/20366@):

- сумму возвращенного налога указать по строке 090 раздела 1 расчета 6-НДФЛ в том отчетном периоде, в котором вы перечислите деньги на банковский счет физлица;

- представить в ИФНС корректирующую справку 2-НДФЛ за 2016 год, в которой уже не будет суммы излишне удержанного налога.