Несмотря на то, что вы нарушили нормы Трудового кодекса и выплатили отпускные позже, чем нужно, это никак не скажется на ваших обязательствах по уплате НДФЛ и составлении отчетности.

Датой получения доходов в виде отпускных считается день их выплаты, и на эту дату нужно исчислить и удержать НДФЛ <подп.1 п.1 ст.223, п.3, п.4 ст.226 НК РФ>. А перечислить в бюджет этот налог нужно не позднее последнего числа месяца, в котором производились такие выплаты – 31.07.2016 <п.6 ст. 226 НК РФ>. Но поскольку он приходится на воскресенье, то срок уплаты НДФЛ с отпускных – 01.08.2016  <п. 7 ст. 6.1 НК РФ>. В расчет 6-НДФЛ за полугодие суммы отпускных, выплаченных в июле, не попадут.

Таким образом, суммы выплаченных отпускных, исчисленного и удержанного налога вам нужно отразить в строках 020, 040 и 070 раздела 1 формы 6-НДФЛ за 3 квартал 2016 года. 

В разделе 2 отпускные нужно показать в том периоде, когда соответствующая операция согласно НК РФ завершена <Письмо ФНС от 15.12.2016 N БС-4-11/24063@>. Для этого нужно ориентироваться на крайний срок перечисления налога для отпускных, установленный НК РФ – 01.08.2016. Значит, в разделе 2 формы 6-НДФЛ за III квартал 2016 года, надо указать:

- по строке 100 «Дата фактического получения дохода»   01.07.2016;

- по строке 110 «Дата удержания налога»   01.07.2016;

- по строке 120 «Срок перечисления налога»   01.08.2016;

- по строкам 130, 140   соответствующие суммы отпускных и НДФЛ.