В Законе от 29.12.2006 № 255-ФЗ нет ограничений по сроку, когда вы можете обратиться в отделение ФСС с заявлением о возмещении пособий. Так что просить возмещение у ФСС вы можете в любой срок: либо по окончании каждого месяца, в котором возникли расходы, либо поквартально (ст. 4.6, 4.7 Закона от 29.12.2006 № 255-ФЗ). 

В то же время в п. 9 ст. 431 НК РФ предусмотрено, что если по итогам расчетного (отчетного) периода сумма расходов на выплату пособий превышает начисленную сумму взносов на ВНиМ, то полученная разница:

(или) зачитывается ИФНС в счет уплаты взносов на ВНиМ на основании полученного из ФСС подтверждения расходов на выплату пособий за этот отчетный период;

(или) может быть возвращена по заявлению плательщика непосредственно из ФСС. 

Так что возможно лучше будет возместить пособия по окончании квартала. 

Если предположить, что в июне у вас пособий не будет, то на основании приведенных вами данных вам и возмещать из ФСС будет нечего. Ведь в этом случае сумма начисленных взносов превысит сумму возмещения: 

- начислено за апрель, май, июнь (строка 060 приложения № 2 к разделу 1 расчета) – 51 000 руб. (17 000 руб. х 3 мес.);

- расходы на пособия за апрель и май (строка 070 приложения № 2 к разделу 1 расчета) – 50 000 руб.

- к уплате в бюджет за отчетный период (строка 090 приложения № 2 к разделу 1 расчета с признаком 1) – 1 000 руб. (51 000 руб. – 50 000 руб.). 

В общем, смотрите сами по сложившейся у вас ситуации. Подробно о действующей сейчас процедуре зачета и возврата сумм превышения расходов на выплату пособий над начисленной суммой взносов на ВНиМ читайте в ответе на вопрос «Зачет больничного листа в счет взносов и возврат переплаты».