Уплата агентского НДС при субаренде госимущества

Автономное учреждение на УСНО, арендует у органов местного самоуправления здание спортивного комплекса. Часть здания АУ сдает в субаренду по 3-х стороннему договору, по которому субарендатор оплачивает арендатору платеж + КУСу арендную плату. В договоре с каждой из этих сумм отдельно выделен НДС, и это налог субарендатор должен платить в бюджет. Субарендатор тоже на УСНО. Может ли субарендатор оплатить НДС, который идет арендатору в бюджет самостоятельно? По договору субаренды, кто является налоговым агентом или налогоплательщиком по НДС, если и арендатор и субарендатор применяют УСНО.

Если по договору аренды государственного (муниципального) имущества, арендодателем выступает орган государственной власти и управления (орган местного самоуправления), то арендатор признается налоговым агентом по НДС <п. 3 ст. 161 НК РФ>. Причем арендаторы, которые применяют УСН, в этом случае также должны исполнять функции налоговых агентов по НДС <п. 5 ст. 346.11 НК РФ, Письмо Минфина от 24.09.2015 N 03-07-11/54577>.

Что же касается передачи государственного (муниципального) имущества в субаренду, то, по мнению Минфина, НДС с арендной платы по договору субаренды должен платить в бюджет арендатор. У субарендатора обязанности агента не возникают <Письма Минфина от 18.10.2012 N 03-07-11/436, от 15.01.2010 N 03-07-11/05>. 

Учитывая позицию Минфина, уплата НДС, предусмотренного договором субаренды, непосредственно в бюджет, может привести к налоговым рискам. Например, рассматривая спор между налоговой и арендатором госимущества, заключившим договор субаренды со схожими условиями, суд поддержал налоговую. Инспекция посчитала, что НДС по договору субаренды как налог с операций по реализации услуг должен был перечислять в бюджет основной арендатор <Постановление 13 ААС от 13.12.2010 № А26-5991/2010>. 

Вы, применяя УСН, не являетесь плательщиком НДС <п. 2 ст. 346.11 НК РФ>. И, значит, выставлять субарендатору счета-фактуры не должны.

Заметим также, что есть и судебные решения, по которым субарендатора госимущества привлекали к ответственности за неисполнение функций НДС-агента по договорам субаренды, по условиям которых субарендатор должен был перечислять арендную плату органу местного самоуправления, а НДС – непосредственно в бюджет <Постановления ФАС ЗСО от 03.04.2007 № Ф04-1936/2007(33063-А70-7), от 30.03.2006 № Ф04-1929/2006(21135-А70-19)>.