Как вы правильно заметили, если товар возвращается покупателем-упрощенцем частично, то по разъяснениям Минфина и налоговой службы, продавцу необходимо оформить корректировочный счет-фактуру <Письмо Минфина от 19.03.2013 N 03-07-15/8473, Письмо ФНС от 14.05.2013 N ЕД-4-3/8562@>. Основанием для такого КСФ может быть, к примеру, соглашение о возврате товаров (оформленное как дополнительное соглашение к договору поставки) и накладная на возврат.

КСФ надо зарегистрировать в книге покупок после отражения в учете возвращенного товара, но не позднее одного года с момента возврата товара <п.5, 13 ст.171, п.4, 10 ст.172 НК РФ, Письмо Минфина от 30.07.2015 N 03-07-11/44082>.

При отступлении от указанного порядка возможны претензии проверяющих к вычету НДС. Кроме того, отсутствие хотя бы двух счетов-фактур в течение налогового периода может полечь штраф в сумме 10 тыс. руб. <п.1 ст.120 НК РФ>.