Моментом определения налоговой базы по НДС является наиболее ранняя из следующих дат <п.1 ст.167 НК РФ>:
- день отгрузки (передачи) товаров (работ, услуг), имущественных прав;
- день оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.
Применительно к выполнению работ вопрос об исчислении «авансового» НДС решается в зависимости от того, производится ли оплата в счет предстоящего выполнения работ или в счет погашения задолженности заказчика по принятому им объему работ.
Порядок учета оплаты в целях исчисления НДС устанавливается условиями конкретного договора с заказчиком. 
Как следует из вопроса, в дополнительном соглашении к договору на выполнение электромонтажных работ приведен перечень дополнительных работ, указаны их стоимость, а также размер аванса, подлежащего уплате в счет предстоящего выполнения дополнительных работ. В этом случае с суммы полученного аванса в счет будущего выполнения допработ необходимо исчислить НДС в общем порядке на дату получения предоплаты и составить «авансовый» счет-фактуру.
Соответственно, при передаче подрядчиком результатов электромонтажных работ по допсоглашению полностью или частично, налоговому вычету будет подлежать «авансовый» НДС в той доле, в которой сумма предоплаты по допсоглашению будет зачтена в счет стоимости выполненных работ в соответствии с таким соглашением <п.8 ст.171, п.6 ст.172 НК РФ>.