Передача имущества или имущественных прав по концессионному соглашению не признается реализацией товаров, работ или услуг (пп.4.1 п.3 ст.39 НК РФ). При этом под передачей следует понимать как передачу объекта концессионного соглашения концедентом концессионеру, так и возврат объекта концессионером концеденту при прекращении концессионного соглашения (ч.4.1 ст.3, ч.1,3 ст.14 Федерального закона от 21.07.2005 № 115-ФЗ).
Исходя из сказанного, при возврате концеденту концессионером объекта концессионного соглашения (созданного или реконструированного объекта) НДС не начисляется и, следовательно, счет-фактура не составляется (п.3 ст.168, п.3 ст.169 НК РФ).
Что касается применения ст.174.1 НК РФ, то данной нормой предусмотрены особенности исчисления и уплаты НДС при совершении операций в соответствии с концессионным соглашением, не связанных с передачей объекта концессионного соглашения от концедента концессионеру или наоборот (к примеру, налогообложение НДС дохода, полученного концессионером от использования объекта концессионного соглашения).
В то же время необходимо учитывать, что со стоимости выполненных работ по реконструкции объекта концессионного соглашения собственными силами, концессионер должен исчислить НДС (п.1 ст.167 НК РФ, Письмо Минфина от 13.12.2016 № 03-11-06/2/74625).