1. Если отъезд работника в командировку, возвращение из нее или нахождение в пути приходятся (в соответствии с приказом) на нерабочий день, то это время нужно оплачивать в повышенном размере как работу в выходной <п.5 Положения, утв. постановлением Правительства РФ от 13.10.2008 N 749 (далее – Положение о командировках), ст. 153 ТК РФ, письма Минтруда от 13.10.2017 N 14-2/В-921, от 25.12.2013 N 14-2-337, апелляционные определения Иркутского облсуда от 16.07.2015 N 33-5998/2015, Орловского облсуда от 27.08.2015 N 33-1791/2015>.

При этом повышенная оплата полагается работникам только за фактически отработанные в выходной или праздничный день часы <ч.3 ст. 153 ТК РФ>. В этой связи вам нужно вести почасовой учет времени, затраченного работником в выходной день. За основу можно взять нормы Положения о командировках, согласно которым в случаях, когда станция, пристань или аэропорт находятся за чертой населенного пункта, то учитывается время, необходимое для проезда до станции, пристани или аэропорта (п.4 Положения о командировках). А детали такого учета пропишите в ЛНА. Можно, например, брать с работника служебную записку с указанием количества часов, затраченных им в выходной день. Либо установить фиксированное время, которое оплачивается работнику в зависимости от того, куда и каким транспортным средством он отправляется. 

2. Включать в расчет среднего заработка выходные дни в командировках и выплаченную за это время двойную оплату необходимо. Не учитываются в расчете только выплаты, прямо перечисленные в пунктах 3 и 5 Положения, утв. Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 № 922.