Прежде всего, вашему руководителю лучше явиться в инспекцию и дать пояснения по вопросам, возникшим у проверяющих. Не игнорируйте вызов инспекции, иначе они могут пересчитать сумму НДС к уплате, заявленную вами в декларации, и выставить требование на доплату налога.

Для того, чтобы отстоять заявленные вычеты, упирайте на то, что ваши операции были реальными, и необоснованной налоговой выгоды вы не получали <ст.54.1 НК РФ>. В этом вам могут помочь не только первичные документы на приобретение и оплату, но и фотографии приобретенных товаров.

Подавать уточненку только потому, что контрагент может быть для кого-то «транзитным», вы не обязаны.

Если вы не подадите уточненную декларацию, а инспекции будет недостаточно приведенных вами аргументов, то она будет проверять подконтрольность и взаимозависимость ваших компаний, есть ли косвенные связи между руководителями и/или учредителями, имеются ли замкнутые цепочки движения денег и так далее. То есть ИФНС должна доказать, что конкретные поставщики являются именно для вас «транзитными».

В случае, если доказательств подконтрольности не будет, то ИФНС будет проверять вашу добросовестность по выбору конкретного проблемного контрагента. Желательно, чтобы у вас имелось досье на контрагентов, которое можно собрать, воспользовавшись электронными сервисами на сайте nalog.ru.

Если вы проявили должную осмотрительность при выборе контрагента, к вам не должно быть претензий, даже если ваш контрагент не уплатил налог в бюджет, но при этом сам факт существования операции не опровергается <Письмо ФНС от 23.03.2017 № ЕД-5-9/547@>. 

В крайнем случае вы можете оспорить решение инспекции в вышестоящем налоговом органе, а если это не даст результата, то в суде.