1) Чтобы вернуть переплату по НДФЛ, надо подать в ИФНС:
- заявление по утвержденной форме <Приложение № 8 к Приказу ФНС от 14.02.2017 N ММВ-7-8/182@>, 
- выписку из регистра по НДФЛ за 2018 год – можете воспользоваться формой, предлагаемой вашей бухпрограммой;
- платежное поручение об уплате НДФЛ – их может быть несколько <Письмо ФНС от 06.02.2017 N ГД-4-8/2085@>.

2) Исчислять НДФЛ с зарплаты надо в последний день месяца, за который она начислена. Поэтому необходимость удержания НДФЛ с аванса, который выплачивается 30 числа, зависит от количества дней в конкретном календарном месяце:
- если этот день – последний (к примеру, в апреле, июне и так далее), то надо удержать НДФЛ и уплатить его в бюджет в этот день или на следующий <п. 6 ст. 226 НК РФ, Определение ВС РФ от 11.05.2016 N 309-КГ16-1804>;
- если этот день – не последний в месяце (к примеру, в январе, марте, мае и так далее), то при выплате аванса НДФЛ не удерживается и в бюджет не перечисляется. 
При этом последний день месяца будет считаться днем фактического получения дохода. В этот день надо будет исчислить НДФЛ со всех доходов в виде зарплаты, в том числе и аванса. Эту сумму удержите при выплате оставшейся части зарплаты, которую вы будете выплачивать по окончании месяца. Получается, что срок уплаты в бюджет НДФЛ с такого аванса - не позднее следующего дня после выплаты оставшейся части зарплаты <Письма Минфина от 21.02.2019 N 03-04-05/11355, от 26.04.2018 N 03-04-06/28613>.