К сожалению, ФСС прав.
Поскольку вы добровольно перечисляли в ФСС страховые взносы за 2018 год, то у вас, действительно, есть право получить пособие по беременности и родам при выходе в декрет в 2019 году (ч. 3 ст. 2 Закон от 29.12.2006 № 255-ФЗ). Однако средний заработок для расчета пособия по беременности, причитающегося предпринимателю, принимается равным федеральному МРОТ на день наступления страхового случая (ч. 2.1 ст. 14 Закона №255-ФЗ). Учет в среднем заработке выплат, полученных вами от работодателя за предшествующие два года, в этой ситуации не предусмотрен.
Но если на момент выхода в декрет вы бы продолжали работать по трудовому договору, то наряду с пособием, положенным вам как предпринимателю, могли бы получить и пособие у работодателя, исходя из полученного заработка.