А в контрольных соотношениях и не сказано, что они обязательно должны быть равны, там же знак больше или равно, так что равенство нестрогое. Но конечно, чаще всего рассчитанные по этим формулам данные не будут равны, потому что для взносов и для НДФЛ разные даты получения доходов, например для больничных и отпускных по оплате для НДФЛ, и по начислению для взносов. Но если налоговики пришлют требование пояснить расхождение, это придется делать