Продление срока распространяется на платежи, которые перечислить в бюджет организации (ИП) обязаны. Если они входят в число лиц, на которых распространяются положения ст. 2 Федерального закона от 08.06.2020 N 172-ФЗ, ЕНВД за II квартал 2020 г. можно не перечислять. То что вы продолжали работать не освобождение не влияет.