В вашем случае инвентаризация обязательна в силу ведения определенного лицензируемого вида деятельности.  Инвентаризация запаса оружия и патронов необходима, в частности, на 1 января года и при смене руководителя. Правила проведения такой инвентаризации утверждены специальной Инструкцией Министерства внутренних дел  (пп. 146 - 161 Инструкции, утв. Приказом МВД от 12.04.99 N 288). В частности, как при любой инвентаризации необходимо создание специальной комиссии, пересчет и проверка оружия и патронов с проверкой условий их хранения.
Каких-либо особенностей инвентаризации оружия непосредственно для охранных агентств не установлено.
А за ее непроведение установлена административная ответственность (ч. 3 ст. 14.1, ч. 1 ст. 20.8 КоАП РФ).