Да, входит. В страховой стаж для определения размера пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам входит как военная служба, так и альтернативная гражданская служба. Учтите: период военной службы, которую работник проходил с 1 января 2007 г., в больничном листе нужно указать дополнительно в специальной строке "в т.ч. нестраховые периоды" ( п. 73 Порядка выдачи и оформления листков нетрудоспособности).