Как правило, сотрудников не увольняют из присоединяемой компании, а оформляют их перевод на основании ч. 1 ст. 72.1 ТК РФ. Причем выплачивать компенсацию за неиспользованный отпуск им не нужно, поскольку после реорганизации трудовые отношения с сотрудником у организации не прекращаются (ст. 75 ТК РФ), и он будет иметь право на получение отпуска в организации-правопреемнике, который он "заработал" еще в присоединяемой организации.