Согласно ч. 2 ст. 123 ТК РФ работнику предоставляется ежегодный оплачиваемый отпуск на основании графика отпусков, а не на основании заявления. Нормативных документов по ситуации, когда исполняющий обязанности  директора уходит в отпуск, нет. Т.е.  порядок оформления  кадровых документов во время  отпуска гендиректора может быть утвержден  локальным актом.