Как учесть премию покупателю

Ретро-бонус, или премия продавца покупателю за выполнение условий договора, обычно не меняет цену отгруженного товара.

На НДС выплаченная премия не влияет ни у продавца, ни у покупателя - корректировать начисленный налог и вычеты не надо.