Невыплата зарплаты в установленный срок, нарушение периодичности ее выплаты являются нарушением трудового законодательства (ч. 6 ст. 136 ТК РФ). Проведение проверок по фактам нарушения трудового законодательства не входит в компетенцию налоговых органов (Письмо ФНС от 25.03.2020 N СД-18-2/380@). Поэтому ИФНС не может привлечь организацию к ответственности за нарушения трудового законодательства при отсутствии налоговых нарушений.
В тоже время при установлении фактов нарушения трудового законодательства в ходе мероприятий налогового контроля ИФНС может направить информацию об этом в территориальные инспекции труда (Письма ФНС от 19.03.2009 N 3-6-04/66, от 23.09.2005 N 02-1-08/195@).