Зачет возможен лишь в пределах расчетного периода потому, что таковы нормы законодательства.  Сумму превышения расходов на выплату пособий (больничных, по беременности и родам, по уходу за ребенком и др.) над суммой начисленных взносов в ФСС организация может зачесть в счет предстоящих платежей в ФСС только в пределах расчетного периода, то есть календарного года <часть 2 ст. 15 Закона от 24.07.2009 № 212-ФЗ>.
Поэтому если сумма выплаченных за период с 1 января по 31 декабря 2014 г. пособий больше суммы начисленных за этот же период взносов, то сумму превышения зачесть в счет страховых взносов за 2015 г. не получится. Ее можно только вернуть из ФСС «живыми деньгами». Для этого надо обратиться в свое территориальное отделение ФСС с заявлением  о возврате суммы превышения расходов на пособия над суммой начисленных взносов <ч. 2.1 ст. 15 Закона № 212-ФЗ, ч. 2 ст. 4.6 Закона № 255-ФЗ>.
С вопросом, действует ли здесь срок исковой давности и  что произойдет, если организация подаст заявление не сразу,  мы обратились в ФСС.
--------------
ИЗ АВТОРИТЕТНЫХ ИСТОЧНИКОВ

    ИЛЬЮХИНА ТАТЬЯНА МИТРОФАНОВНА - Начальник отдела правового обеспечения страхования на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством Правового департамента ФСС РФ
Срок для обращения с заявлением о возврате суммы превышения расходов на пособия над суммой начисленных страхователем взносов законодательно не установлен. Поэтому если разница образовалась по состоянию на 31 декабря 2014 года, организация может сделать это и в 2015 году, и последующие годы. Общий срок исковой давности в  данном случае не применяется.
Однако я  все же рекомендовала бы не затягивать с обращением за возмещением средств. В этом заинтересована, прежде всего, сама организация. Ведь сумма образовавшейся задолженности не индексируется, а значит, с учетом инфляции она будет обесцениваться. 
--------------