Действительно, одновременно предоставлять работнице отпуск по уходу за ребенком и отпуск по беременности и родам нельзя. Если они совпадают, то женщина должна выбрать какой отпуск она будет использовать и соответственно какое пособие будет получать (ч. 4 ст. 13 Закона от 19.05.1995 № 81-ФЗ, ч. 3 ст. 10 Закона от 29.12.2006 № 255-ФЗ, п. 44 Порядка, утв. Приказом Минздравсоцразвития от 23.12.2009 № 1012н).
Когда сотрудница выбирает отпуск по беременности и родам, то она должна прервать отпуск по уходу за ребенком. Для этого она должна предоставить вам (ч. 1 ст. 255 ТК РФ, ч. 5 ст. 13 Закона № 255-ФЗ, п. 5, 16 Порядка, утв. Приказом Минздравсоцразвития  № 1012н):
- заявление о прекращении отпуска и выплаты пособия по уходу за ребенком (если пособие еще выплачивается) и о предоставлении отпуска и выплате пособия по беременности и родам;
- листок нетрудоспособности.
Если ваша сотрудница подала заявление на декретный отпуск позже даты, указанной в больничном, то вы все равно должны оформить ей отпуск по беременности и родам и выплатить пособие за период, указанный в больничном. Разумеется, при условии, что она представила заявление и больничный не позднее 6 месяцев с момента окончания отпуска по беременности и родам (ч. 2 ст. 12 Закона № 255-ФЗ, ст. 17.2 Закона № 81-ФЗ).
Таким образом, прервать отпуск по уходу за первым ребенком нужно с даты начала периода по беременности и родам.
Поскольку ваша сотрудница представила больничный лист с опозданием и вы уже выплатили ей пособие по уходу за ребенком, то вам нужно:
- на дату получения заявления и больничного начислить пособие по беременности и родам за период, указанный в больничном;
- сторнировать полученное пособие по уходу за ребенком;
- доплатить сотруднице разницу между пособием по беременности и пособием по уходу.
Отдельное заявление от сотрудницы на перерасчет пособия брать не нужно. Вполне достаточно одного вышеуказанного заявления сотрудницы. Просто укажите на нем дату получения и попросите сотрудницу расписаться. Тогда будет понятно, что перерасчет вы делаете из-за невовремя представленных документов.