Расходы по командировке (в том числе и суточные) надо возместить в любом случае – независимо от того, выполнено задание по ней или нет. Поскольку предоставить работнику указанные в Трудовом кодексе гарантии вы должны независимо от результата командировки <статьи 166-168 ТК РФ>.
Командировочные расходы можно будет включить в "прибыльные" расходы - и не важно, выполнено служебное задание или нет и кто виноват в безрезультатности командировки <подп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ, Письмо УФНС России по г. Москве от 11.08.2009 N 16-15/082607.2; Постановление ФАС ПО от 11.07.2012 N А55-17726/2011, ФАС ЗСО от 04.10.2011 N А27-16987/2010, п. 3 мотивировочной части Постановления ФАС МО от 29.07.2011 N КА-А40/7917-11>.