К вычету можно предъявить сумму НДС, уплаченную по расходам на командировки (в том числе на проезд к месту служебной командировки и обратно), которые учитываются при исчислении налога на прибыль (п. 7 ст. 171 НК РФ). 

Поскольку работник по обмененному билету летал к месту командировки и обратно и вы приняли его в качестве подтверждающего документа, то в «прибыльных» расходах вы учтете стоимость авиаперелета, которая будет складываться из двух сумм – стоимости первоначального билета и доплаты (разницы в тарифах) за второй билет, поскольку он был обменен на первый. 

Но вот к вычету можно предъявить только ту сумму НДС, которая указана в авиабилете. Именно эта сумма регистрируется в книге покупок (п. 18 Правил ведения книги покупок, утв. Постановлением Правительства от 26.12.2011 № 1137). 

В идеале вы должны были бы принять к вычету сумму НДС по второму авиабилету. Но поскольку сумму этого налога вы не знаете, то определять ее расчетным путем вы не вправе. Поэтому хотя вы и доплачивали авиаперевозчику за второй билет, к вычету вы можете принять только сумму НДС, указанную в первоначальном билете. Ведь, несмотря на то, что работник по нему не полетел, его стоимость была учтена при оплате за второй билет. И общая стоимость по двум билетам указана в авансовом отчете  (Письмо ФНС от 21.05.2015 № ГД-4-3/8565 (п. 2)).