Конечно, когда работник сидит в поезде по дороге в командировку, он непосредственно не работает. Однако, по логике ТК, все время работника делится на рабочее время и время отдыха. По воле работодателя работник из-за командировки лишается положенных ему выходных, и считать их временем отдыха уже нельзя. Следовательно, эти дни относятся к рабочему времени, которое должно быть оплачено.
Выплата суточных и расходов за транспорт такой оплатой не является - это всего лишь компенсация расходов, которые возникают в связи с командировкой.
Сохранять средний заработок полагается только за рабочие дни по графику командирующей организации (п.9 Положения, утв. Постановлением Правительства РФ от 13.10.2008 N 749, далее - Положение). А оплачивать время работы в выходные и праздники нужно в соответствии с трудовым законодательством (п.5 Положения), то есть по правилам ст. 153 ТК РФ.
Аналогичные рекомендации давал Минтруд, ссылаясь при этом на нормы старой инструкции о командировках, ныне утратившей силу (Письма Минтруда России от 05.09.2013 N 14-2/3044898-4415 и от 25.12.2013 N 14-2-337).
В действующем Положении такая ситуация прямо не урегулирована. Однако это не означает, что разработчики сознательно хотели лишить работника оплаты за эти дни. Возможно, они просто решили, что нормы п.5 Положения вполне достаточно.
Отметим, что Роструд высказывал мнение о том, что оплата дней в пути, приходящихся на выходные и праздники, в Положении не предусмотрена (Письмо Роструда от 20.06.2013 N ПГ/5136-6-3). Однако в этом письме дана рекомендация обратиться в Минтруд, который прямо уполномочен давать разъяснения по применению Положения (п.2 Постановления Правительства РФ от 13.10.2008 N 749).
Судебная практика также говорит о необходимости оплаты таких дней в пути как работы в праздники (Апелляционные определения Иркутского облсуда от 16.07.2015 N 33-5998/2015, Мосгорсуда от 28.08.2012 по делу N 11-14545/2012, Ярославского облсуда от 05.03.2012 по делу N 33-903/2012, Кассационное определение Саратовского облсуда от 14.07.2011 N 33-3776/11).
Во избежание дискуссий о правомерности учета расходов при налогообложении прибыли советуем включить в ваше Положение о командировках или иной локальный нормативный акт норму о том, что дни в пути, пришедшиеся на выходные и праздники, подлежат оплате по правилам ст. 153 ТК РФ (то есть двойная оплата либо одинарная оплата плюс отгул).