Прежде всего, хотим напомнить, что для привлечения к работе в выходной в большинстве случаев нужно получить письменное согласие работника <ст. 113 ТК РФ>. И данная ситуация не исключение. Однако отдельно оформлять такое согласие не обязательно. Можно в приказ о направлении работника в командировку, где указаны даты начала и окончания командировки, добавить строку:

Согласен: _________________ "____"___________ 2016 г.

подпись

Теперь собственно ответ на вопрос. Если день выезда сотрудника в командировку или день возвращения из нее приходится на выходной, то работодатель обязан <ст. 153 ТК РФ; п. 4. 5 Положения, утв. Постановлением Правительства от 13.10.2008 N 749>:

(или) оплатить такой день не менее чем в двойном размере дневной (часовой) тарифной ставки (дневной части оклада);

(или) по просьбе работника, работавшего в выходной, предоставить ему другой день отдыха. И неважно, привлекался он к работе на несколько часов или на весь день. Тогда работа в выходной будет оплачиваться в одинарном размере, а день отдыха оплачивать не нужно.

То же самое справедливо и для ситуации, когда работник, находясь в командировке, действительно привлекался к работе в выходные дни. 

Если же фактически он не работал и не находился в пути в эти дни, то ни оплата за дни отдыха, ни отгулы ему не положены.