Дело в том, что к вычету вам принимать нечего, поскольку:

(и) не облагаются НДС услуги по перевозке пассажиров городским пассажирским транспортом общего пользования (за исключением такси, в том числе маршрутного) по единым условиям перевозок пассажиров по единым тарифам за проезд, установленным органами местного самоуправления, в том числе с предоставлением всех льгот на проезд, утвержденных в установленном порядке (подп. 7 п. 2 ст. 149 НК РФ);

(и) услуги по перевозке пассажиров железнодорожным транспортом в пригородном сообщении в течение 2015 – 2016 годов облагаются по ставке 0% (подп. 7 п. 2 ст. 149 НК РФ, Письма Минфина от 29.05.2015 № 03-07-11/31211, ФНС от 07.09.2015 № ГД-4-3/15648@, от 25.06.2015 № ГД-4-3/11067@).

В иных случаях вам достаточно, чтобы билет был БСО (Положение, утв. Постановлением Правительства от 06.05.2008 № 359) и в нем был выделен НДС. Тогда именно БСО вы и будете регистрировать в книге покупок (п. 18 Правил ведения книги покупок, утв. Постановлением Правительства от 26.12.2011 № 1137). 

Кроме того, в локальном нормативном акте должна быть прописана необходимость таких поездок для организации (то есть должна прослеживаться связь с производственной/торговой деятельностью компании) (п. 1 ст. 252, подп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ).