Поскольку вы не указали, о каком именно платеже идет речь, рассмотрим основные обычные при участии в электронных торгах платежи.
Обеспечение заявки и обеспечение исполнения контракта (вносимое в случае победы в аукционе) не учитываются в расходах, т.к. это средства, подлежащие возврату <ч. 1, 6 ст. 44, ч. 27 ст. 34, п. 1 ст. 96 Закона № 44-ФЗ, п. 2, 3, 16 ПБУ 10/99>. На эти суммы электронные площадки обычно документы не дают. Подтверждающими их документами, помимо платежки и банковской выписки, служат размещенный в системе торгов проект контракта – в нем указаны суммы обеспечения <п. 7 ст. 42, ч. 1, 4 ст. 96 Закона № 44-ФЗ>, – ваша заявка на участие, подписанная ЭЦП вашего директора <п. 1 ст. 5, ст. 60 Закона от 05.04.2013 № 44-ФЗ>, и, в случае победы, протокол подведения итогов аукциона <ч. 8 ст. 69 Закона № 44-ФЗ> и подписанный контракт.
В расходы в бухучете включается плата, взимаемая с победителя торгов <ч. 6 ст. 59 Закона от 05.04.2013 № 44-ФЗ>. На нее электронная площадка должна выдать вам акт (и счет-фактуру). Акт и будет основанием для списания платы в расходы.
Если для участия в аукционах вы несли другие расходы – например, приобрели неисключительные права на ПО, оформили ЭЦП <ч. 2 ст. 5 Закона № 44-ФЗ>, заплатили за обучение работников, – то на них вам должны предоставить обычные в таких случаях документы – лицензионный договор (соглашение), лицензию, акты на передачу прав на ПО, накладные, акты и т.д. – в зависимости от вида расходов <ст. 9 Закона от 06.12.2011 № 402-ФЗ>.